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生殖器疱疹以药物治疗为主。中药可选择清热解毒药物，西药可选择泛昔洛韦或伐昔洛韦等。
生殖器疱疹是一种传染性强，且复发率较高，危害性比较大。目前单纯服用中药治疗生殖器疱疹并不多见，一般仅用于辅助治疗，如提高免疫力或清热解毒的中草药等，有助于缓解临床不适，但需长时间服药。
而西药在治疗生殖器疱疹时起效较快，常用的抗病毒药物泛昔洛韦或伐昔洛韦，药物治疗时要谨遵医嘱。
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