蒙脱石散临床上主要用于成人及儿童的急慢性腹泻，同时可以用于食道、胃、十二指肠疾病引起的相关疼痛症状的辅助治疗。蒙脱石散是可以缓解肠炎的腹泻症状，但是不能治疗肠炎。肠炎的治疗还是要针对病因治疗。
肠炎是细菌、病毒、真菌和寄生虫等引起的小肠炎和结肠炎。临床表现主要有腹痛、腹泻、稀水便或黏液脓血便。
细菌性肠炎时，一般可以在医生的指导下用复方新诺明，庆大霉素或者丁胺卡那霉素等抗生素杀菌的同时，配合服用蒙脱石散，起到止泻、保护肠道粘膜的作用，其次是补充液体及纠正电解质和酸中毒。
在服用蒙脱石散以后，其中的化学成分蒙脱石遇水以后，通过颗粒间的渗透膨胀和层间水化，起到保护黏膜的作用。蒙脱石散主要附着在肠黏膜表面，起到保护肠黏膜的作用。蒙脱石散可以改善细胞正常的吸收与分泌功能，减少肠细胞的运动失调和水电解质的流失。仅仅作用于消化道，不改变正常的肠蠕动和大便颜色，不良副作用较少。
成人腹泻患者常用量是一次1袋，一日3次；1岁以下的儿童每日1袋，1-2岁的儿童每日1-2袋，2岁以上的儿童每日2-3袋，均分三次服用。一般一袋倒入约50ml的温水中，搅匀后服用。当患者存在急性腹泻时，蒙脱石散的首次剂量加倍。
