二陈丸不宜与含乌头类生物碱的中药、强效镇咳药、中枢神经抑制剂、单胺氧化酶抑制剂及部分抗菌药物合用。二陈丸作为化痰止咳类中成药，其药物相互作用主要涉及成分冲突、药效叠加或代谢干扰。
附子、川乌等含乌头类生物碱的中药与二陈丸合用可能加重心脏毒性。二陈丸中的半夏本身具有刺激性，与乌头碱协同作用易引发心律失常。常见含乌头碱药物包括附子理中丸、风湿骨痛胶囊等，合用时应间隔4小时以上。
右美沙芬、可待因等中枢性镇咳药会抑制咳嗽反射，与二陈丸的祛痰作用产生拮抗。二陈丸通过稀释痰液促进排出，而镇咳药阻滞排痰过程，可能导致呼吸道分泌物滞留。慢性支气管炎患者需特别注意避免合用。
苯二氮卓类安眠药、巴比妥类药物与二陈丸联用可能增强中枢抑制。半夏中的生物碱成分对神经系统有轻度抑制作用，与镇静催眠药合用易出现嗜睡、呼吸抑制等不良反应。老年患者应严格控制用药间隔时间。
异烟肼、呋喃唑酮等单胺氧化酶抑制剂会影响半夏的代谢过程。这类药物通过抑制肝脏酶系统，可能延长二陈丸中生物碱的作用时间，增加恶心、呕吐等消化道反应风险。结核病患者需调整用药方案。
喹诺酮类抗生素与二陈丸合用可能降低抗菌效果。二陈丸中的陈皮含有黄酮类物质，可与金属离子螯合，影响环丙沙星等药物的吸收。建议抗菌药物服用2小时后再使用二陈丸。
服用二陈丸期间需避免饮酒及辛辣食物，防止加重胃肠道刺激。慢性病患者联合用药前应咨询医师，定期监测肝肾功能。出现心悸、呼吸困难等不良反应时立即停药就医。中药配伍需考虑君臣佐使原则，自行混合用药可能破坏方剂整体性，建议在中医师指导下规范使用。
