明目上清丸适用于眼目昏花、目赤肿痛、畏光流泪等肝火上炎或风热上攻引起的眼部不适人群，主要有视疲劳者、急性结膜炎患者、慢性结膜炎患者、干眼症患者、早期青光眼患者。
明目上清丸中的菊花、决明子等成分可清肝明目，缓解长时间用眼导致的视物模糊、眼睛酸胀。此类人群多因过度用眼或睡眠不足诱发症状，需配合调整用眼习惯，保证充足睡眠。若症状持续不缓解，建议在医生指导下联合使用七叶洋地黄双苷滴眼液、聚乙烯醇滴眼液等人工泪液辅助治疗。
对风热型急性结膜炎出现的目赤眵多、灼热疼痛症状，该药可清热散风。发病多与病毒或细菌感染相关，常伴结膜充血、分泌物增多。需注意区分感染类型，细菌性感染者可遵医嘱配合使用左氧氟沙星滴眼液，病毒性感染者可使用更昔洛韦眼用凝胶。
长期眼睑缘炎或环境刺激导致的慢性结膜炎，出现眼睛红痒、异物感时适用。此类患者多存在睑板腺功能障碍，需加强眼睑清洁护理，可同步使用玻璃酸钠滴眼液保持眼表湿润。避免与含防腐剂的眼药水长期合用。
肝阴不足型干眼症引发的干涩灼痛、畏光症状，配合该药可改善泪液质量。发病与泪液分泌减少或蒸发过快有关，患者常见晨起粘稠分泌物。建议在医生指导下联合使用环孢素滴眼液、羧甲基纤维素钠滴眼液等促进泪液分泌的药物。
肝郁化火型青光眼初期出现的头痛目胀，可辅助使用该药降低眼压。但需注意该药不能替代降眼压药物，确诊患者应定期监测眼压，严格遵医嘱使用布林佐胺滴眼液、曲伏前列素滴眼液等专用药物控制病情发展。
使用明目上清丸期间应忌食辛辣刺激食物，避免熬夜及长时间接触电子屏幕。眼部症状急性发作或持续加重时需及时就医排查角膜炎、葡萄膜炎等器质性病变。老年人及肝肾功能异常者应在医师指导下调整用药周期，避免长期连续服用超过2周。用药后若出现腹泻、恶心等不适可减量或停药观察，必要时进行肝功能检查。
