杂粮打成粉可能增加升糖指数并导致营养流失，但合理使用仍可保留部分营养价值。杂粮粉的主要问题有加工过程中膳食纤维破坏、维生素氧化损失、过量摄入引发胃肠不适、储存不当产生霉菌毒素、替代全谷物导致咀嚼功能退化等。
杂粮在精细研磨过程中，不溶性膳食纤维的物理结构会被破坏，降低对肠道蠕动的刺激作用。全谷物原有的粗纤维网络被打断后，延缓胃排空的功能减弱，可能减弱饱腹感。长期食用精细杂粮粉可能影响排便规律，尤其对存在慢性便秘的人群不利。
研磨产生的热量和暴露在空气中的表面积增大，会加速B族维生素和维生素E的氧化。粉碎后杂粮中的多酚类物质更易与氧气接触，抗氧化能力逐渐下降。若储存时间超过三个月，维生素B1含量可能下降超过一半，降低杂粮原有的营养优势。
一次性大量摄入杂粮粉可能引发腹胀、产气等不适，特别是消化功能较弱的人群。粉碎后的杂粮颗粒更易与消化酶接触，淀粉消化速度加快，部分人群可能出现反酸症状。胃肠术后患者或急性胃炎发作期应谨慎控制摄入量。
粉状杂粮吸湿性强，储存环境湿度超过65%时易滋生黄曲霉菌等致病微生物。家庭自制杂粮粉若未彻底干燥，存放两周后霉菌毒素超标风险显著增加。购买预包装产品需注意观察是否出现结块、哈喇味等变质迹象。
长期用杂粮粉完全替代全谷物，可能减少牙齿咀嚼运动，影响颌面肌肉发育。儿童长期摄入糊化杂粮可能降低对粗硬食物的适应能力。老年人过度依赖杂粮粉可能加速咀嚼肌群萎缩，建议每周保留3-4次全谷物摄入。
建议选择低温研磨工艺的杂粮粉，开封后密封冷藏并在一个月内用完。搭配牛奶或酸奶可延缓血糖上升，添加坚果能弥补不饱和脂肪酸的损失。糖尿病患者应控制单次食用量在30克以内，配合绿叶蔬菜食用更佳。保留部分未粉碎的杂粮交替食用，既可获得便利性又能维持口腔功能。出现持续腹胀或排便异常时应暂停食用并咨询营养师。
