明目上清丸具有清热散风、明目止痛的功效，主治风热上攻所致的眼目昏暗、羞明多泪、眼部红肿疼痛、头痛眩晕等症状。主要有清热泻火、疏风解表、消肿止痛、改善视疲劳、辅助治疗结膜炎等作用。
明目上清丸中的黄连、黄芩等成分能清泄肝经实火，缓解因肝胆火盛引起的目赤肿痛。适用于长时间用眼过度或熬夜导致的眼睛充血、灼热感，常伴随口苦咽干等症状。肝火上炎型视疲劳患者服用后可减轻眼部充血和异物感。与夏枯草胶囊、龙胆泻肝丸等药物联用时需遵医嘱调整剂量。
该药含薄荷、菊花等疏风散热药材，对风热外袭导致的急性结膜炎有效。表现为突发眼睑红肿、畏光流泪伴鼻塞头痛时，可帮助缓解眼表炎症反应。风热证患者用药期间应避免辛辣食物，与银翘解毒片联合使用时需间隔2小时以上。
方中栀子、连翘等成分能抑制组胺释放，减轻过敏性结膜炎的眼睑水肿和瘙痒。对于蚊虫叮咬或花粉过敏引发的眼部肿胀，配合冷敷可加速消肿。青光眼患者急性发作期禁用，哺乳期妇女应在医师指导下使用。
通过调节睫状肌调节功能，缓解电脑视疲劳综合征的视物模糊、眼干涩症状。学生或办公人群连续用眼4-6小时后服用，可联合珍珠明目滴眼液加强效果。维生素A缺乏导致的夜盲症需配合补充鱼肝油。
对细菌性结膜炎的黏液脓性分泌物有抑制作用，但需与盐酸左氧氟沙星滴眼液等抗生素联合使用。病毒性结膜炎者服药期间应单独使用毛巾，避免交叉感染。角膜溃疡患者禁用，糖尿病患者慎用。
服用明目上清丸期间应忌食辛辣油腻，避免强光刺激眼睛。风热症状缓解后及时停药，连续使用不超过2周。眼部外伤或红肿持续加重者需立即就医，妊娠期妇女用药前需经眼科医师评估。每日配合热敷眼眶10分钟可增强药效，阅读时保持30厘米以上用眼距离。
