灰指甲的治疗药物主要分为外用药和口服药两大类，真正好用的药物需要根据灰指甲的严重程度、感染部位和患者自身情况来选择，临床上常用的有效药物有阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺搽剂、盐酸特比萘芬片、伊曲康唑胶囊、氟康唑胶囊。
外用药适合病甲数量少、感染面积小且甲根部未受累的情况。阿莫罗芬搽剂是一种广谱抗真菌药，能抑制真菌细胞膜的合成，每周使用一次即可，使用前需要先用指甲锉尽量锉薄病甲。环吡酮胺搽剂同样能渗透甲板，对多种皮肤癣菌有效，通常需要每天涂抹，用药前也需清洁并锉薄病甲。口服药则适用于病甲数量多、感染严重或外用药效果不佳的情况。盐酸特比萘芬片能有效杀灭皮肤癣菌，对指甲癣的疗效较好，通常需要连续服用数周。伊曲康唑胶囊采用冲击疗法，即服药一周停药三周为一个疗程，对手指甲和脚趾甲的感染均有较好效果。氟康唑胶囊也是常用的口服抗真菌药物，但需要根据患者体重和肝功能情况调整剂量。无论选择哪种药物，治疗灰指甲都需要足够的耐心，因为新甲完全长出通常需要数月时间，且不可自行停药或增减剂量，以免导致复发或耐药。
在治疗期间，建议保持手足清洁干燥，避免与他人共用拖鞋、毛巾、指甲剪等个人物品，以防交叉感染。平时尽量选择透气性好的鞋袜，避免长期穿不透气的胶鞋或皮鞋。饮食上可以适当增加富含蛋白质和维生素的食物，如鸡蛋、牛奶、瘦肉、新鲜蔬菜水果，有助于指甲的健康生长。如果同时患有足癣或手癣，应一并治疗，否则灰指甲容易反复发作。定期修剪指甲，但不要剪得过短，避免损伤甲周皮肤引发继发感染。若治疗过程中出现任何不适，应及时与医生沟通调整方案。
