肾囊肿吃药通常不能治好，目前尚无药物能促使囊肿缩小或消失。肾囊肿的处理方式主要有定期观察、穿刺抽液、硬化剂治疗、腹腔镜去顶减压术、开放手术等。
大多数单纯性肾囊肿生长缓慢且无症状，通常无须特殊治疗，只需每半年到一年复查一次肾脏超声，监测囊肿大小和形态变化即可。当囊肿直径超过5厘米，或引起腰腹部胀痛、血尿、高血压、压迫肾盂导致肾积水时，才需要考虑干预。对于较大的囊肿，可在超声引导下行囊肿穿刺抽液，抽出囊液后注入无水酒精等硬化剂，破坏囊壁细胞以减少复发。目前临床上常用聚桂醇注射液作为硬化剂，其刺激性较小。若囊肿位置复杂或硬化治疗后复发，可采取腹腔镜肾囊肿去顶减压术，切除部分囊壁使囊液流入腹腔被吸收。极少数巨大囊肿或怀疑恶变时，可能需要开放手术切除囊肿及部分肾组织。需要强调的是，市面上没有任何口服药物被证实能有效治疗肾囊肿，患者切勿轻信广告或偏方自行用药，以免延误病情或损伤肾功能。
建议肾囊肿患者日常注意避免剧烈运动和腰部外力撞击，以防囊肿破裂出血。饮食上保持低盐清淡，每日饮水量维持在1500-2000毫升，有助于维持肾脏正常代谢。每半年至一年定期复查肾脏超声，若出现突发性腰痛、肉眼血尿或发热，需及时到泌尿外科就诊评估。
