酪酸梭菌活菌散剂不宜与抗菌药物、吸附剂及部分中药合用。该活菌制剂的有效性可能受到多种药物相互作用影响，需特别注意以下五类情况：
抗菌药物如左氧氟沙星、头孢克肟会直接灭活酪酸梭菌，降低疗效。建议间隔2小时以上服用，必要时咨询医生调整用药方案。
止泻吸附剂如蒙脱石散、活性炭通过物理吸附作用可能包裹活菌，影响肠道定植。临床数据显示联合使用可使活菌存活率下降60%，需间隔4小时服用。
强效抑酸药如奥美拉唑、雷贝拉唑改变肠道pH环境，不利于益生菌生存。长期使用质子泵抑制剂患者建议选择耐酸型益生菌替代。
部分清热解毒类中药如黄连、黄芩含抗菌成分小檗碱，体外实验证实对酪酸梭菌有抑制作用。联合使用时应监测肠道菌群平衡。
免疫抑制剂如环孢素、他克莫司可能改变肠道免疫微环境，影响益生菌免疫调节功能。器官移植患者使用需在医师指导下严格监测。
特殊情况下必须合用时，建议优先选择酪酸梭菌二联活菌等复合菌制剂，其耐酸性更强。用药期间出现腹胀加重或腹泻反复，应立即停药就医。
