肠化生主要通过胃镜检查结合病理活检确诊。胃镜下可直接观察黏膜变化，病理检查能明确细胞异型程度，临床常配合幽门螺杆菌检测评估病因。
胃镜检查是诊断肠化生的核心手段。医生通过内镜可发现胃黏膜出现绒毛状或颗粒状改变，典型表现为苍白色调、血管纹理消失。检查前需禁食8小时以上，过程中可能使用镇静剂减轻不适。
病理活检是确诊的金标准。医生会在可疑区域取3-5块组织，显微镜下观察是否存在杯状细胞、潘氏细胞等肠上皮特征。根据维也纳分类标准，可分为完全型和不完全型肠化生，后者癌变风险较高。
幽门螺杆菌检测辅助病因判断。碳13/14呼气试验、粪便抗原检测或胃黏膜快速尿素酶试验可确认感染，该菌感染是肠化生主要诱因之一。阳性患者需接受根除治疗以阻断病变进展。
影像学检查适用于特殊情况。钡餐造影可显示黏膜粗糙等间接征象，但敏感度较低。超声内镜能评估病变浸润深度，主要用于怀疑癌变时的分期诊断。
血清学检测如胃蛋白酶原Ⅰ/Ⅱ比值、胃泌素-17等指标可反映胃黏膜功能状态，但无法直接诊断肠化生。这些指标异常时建议进一步胃镜检查。
肠化生患者应每1-2年复查胃镜监测变化。出现异型增生或病灶快速进展时，需考虑内镜下黏膜切除等治疗。日常需戒烟限酒，避免高盐腌制食物摄入。
