杀灭幽门螺杆菌的药物可能引起恶心、呕吐、腹泻、口苦及皮疹等副作用，常见药物包括阿莫西林胶囊、克拉霉素片、甲硝唑片、枸橼酸铋钾胶囊和奥美拉唑肠溶胶囊。
服用抗生素及抑酸药后，患者常出现恶心、呕吐、腹痛或腹泻等胃肠不适症状。阿莫西林胶囊与克拉霉素片联用时，药物直接刺激胃黏膜可能导致上腹部隐痛；甲硝唑片易引发金属味觉异常及食欲减退。此类反应多为暂时性，停药后可自行缓解，若症状剧烈需及时咨询医生调整方案，切勿擅自中断疗程导致细菌耐药。
部分抗菌药物透过血脑屏障后可能引起头晕、头痛或失眠等神经症状。甲硝唑片在大剂量使用时偶见肢体麻木或共济失调，克拉霉素片也可能导致短暂性眩晕。患者在服药期间应避免驾驶车辆或操作精密仪器，保证充足休息。若出现严重精神错乱或抽搐现象，须立即停药并前往医院急诊科就诊，以防发生不可逆的神经损伤。
青霉素类及硝基咪唑类药物存在致敏风险，可能诱发荨麻疹、瘙痒或红斑等皮肤表现。阿莫西林胶囊是常见的过敏原，用药前必须确认无青霉素过敏史。少数患者使用枸橼酸铋钾胶囊后可能出现面部潮红或光敏反应。一旦发现呼吸急促、喉头水肿或全身大面积皮疹，提示可能发生过敏性休克，需即刻拨打急救电话并进行抗过敏抢救治疗。
药物代谢主要经由肝脏分解与肾脏排泄，长期联合用药可能加重脏器负担。克拉霉素片与奥美拉唑肠溶胶囊合用时，个别患者会出现转氨酶升高或肌酐波动。原有慢性肝病或肾功能不全者需在医师指导下减量使用，并定期监测生化指标。若发现尿量减少、眼睑浮肿或皮肤巩膜黄染，应立即停止服药并完善肝肾功能检查，防止急性器官衰竭。
广谱抗生素在杀灭致病菌的同时也会破坏肠道正常菌群平衡，导致继发性感染或维生素合成障碍。长期使用多种抗生素可能引发伪膜性肠炎或真菌性口腔炎，表现为顽固性腹泻或口腔白斑。建议治疗期间适当补充益生菌制剂以调节微生态，注意观察大便性状变化。若出现水样便次数增多或发热寒战，需警惕艰难梭菌感染，尽快就医进行粪便毒素检测。
根除幽门螺杆菌治疗期间应保持清淡饮食，避免辛辣油腻食物刺激受损胃黏膜，戒烟限酒以减少对肝脏的额外损害。患者需严格遵医嘱按时按量服药，不可随意漏服或提前停药，以免治疗失败产生耐药菌株。日常注意餐具消毒分餐制，防止家庭内部交叉感染，饭后适度散步促进胃肠蠕动，保持乐观心态有助于提升免疫系统清除细菌的能力，治疗结束后务必复查确认根除效果。
