四妙丸不能用于治疗生殖器疱疹。生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起的性传播疾病，需遵医嘱使用抗病毒药物。
四妙丸是一种中成药，主要成分为苍术、牛膝、黄柏、薏苡仁，具有清热利湿的功效，临床常用于治疗湿热下注所致的足膝红肿、筋骨疼痛等症。其说明书适应证中未包含抗病毒作用，也无循证医学证据表明对单纯疱疹病毒有效。生殖器疱疹的病原体明确为HSV-2病毒，需要特异性抗病毒药物抑制病毒复制，如阿昔洛韦片、泛昔洛韦胶囊、伐昔洛韦片等，这些药物能直接干扰病毒DNA合成。
部分患者可能因生殖器疱疹继发细菌感染出现局部红肿热痛，此时四妙丸的清热功效可能缓解部分症状，但无法清除病毒本身。若错误使用可能延误规范治疗，导致疱疹反复发作或传染他人。临床中曾有患者自行服用四妙丸后误判病情好转，实际病毒仍在潜伏复制，最终引发更严重的疱疹性角膜炎等并发症。
生殖器疱疹患者应避免性生活防止传染，保持患处清洁干燥，穿宽松棉质内衣。饮食需忌辛辣刺激食物，适当补充富含赖氨酸的乳制品、鱼类，限制精氨酸含量高的坚果巧克力摄入。急性期可冷敷缓解疼痛，但根本治疗仍需在皮肤科医生指导下规范使用抗病毒药物，定期复查病毒载量。合并免疫缺陷者更需警惕病毒扩散风险，不可依赖中成药替代抗病毒治疗。
