过氧苯甲酰凝胶的禁忌主要有对成分过敏者、皮肤急性炎症期患者、孕妇及哺乳期妇女、婴幼儿、皮肤破溃或感染部位禁用。该药物主要用于痤疮治疗，需严格遵医嘱使用。
过氧苯甲酰凝胶主要成分为过氧苯甲酰，若曾对该成分或辅料出现过敏反应，使用后可能引起皮肤红肿、瘙痒等接触性皮炎症状。过敏体质者初次使用时需在小范围皮肤测试，出现灼热感或皮疹应立即停用。临床常见替代药物包括阿达帕林凝胶、克林霉素磷酸酯凝胶等。
湿疹、晒伤、玫瑰痤疮等皮肤处于急性红肿状态时禁用。过氧苯甲酰的氧化作用可能加剧炎症反应，导致疼痛和皮损加重。此类情况需先通过生理盐水湿敷或医用敷料缓解炎症，待皮肤屏障修复后再评估是否适用。
目前缺乏该药物对胎儿安全性研究数据，其活性成分可能经皮吸收影响胎儿发育。哺乳期使用也存在药物通过乳汁分泌的风险。妊娠期痤疮建议选择红霉素软膏等安全性更高的外用抗生素，哺乳期需暂停用药或中止喂养。
12岁以下儿童皮肤角质层较薄，药物吸收率较高，易引发全身性不良反应如腹泻、呕吐等。儿童痤疮需在儿科医生指导下使用低浓度制剂，或改用温和的抗菌洗剂如葡萄糖酸氯己定溶液清洁皮肤。
开放性伤口、疱疹等皮损处使用可能延迟愈合，并导致药物进入血液循环增加副作用风险。需先处理原发感染，如细菌感染可外用莫匹罗星软膏，真菌感染使用联苯苄唑乳膏，待创面结痂后再考虑痤疮治疗。
使用过氧苯甲酰凝胶期间需加强皮肤保湿，配合无油配方护肤品减少刺激。避免接触眼周、口唇等黏膜部位。日间使用需涂抹防晒系数30以上的防晒霜，防止光敏感反应。若用药部位出现持续性灼痛、脱屑或水肿，应立即停药并就医。建议首次用药前咨询皮肤科医生，根据痤疮严重程度调整用药频率和剂量。
