甲硝唑栓的禁忌主要包括对甲硝唑或其他硝基咪唑类药物过敏者、妊娠早期女性及神经系统疾病患者禁用，同时存在活动性中枢神经系统疾病或血液异常者也需严格避免使用。
对甲硝唑或硝基咪唑类药物过敏者使用甲硝唑栓可能引发皮肤瘙痒、红斑、喉头水肿等过敏反应，严重时可导致过敏性休克。过敏体质者在初次使用前应告知医生相关病史，若用药后出现局部灼热感或皮疹需立即停用。
妊娠前三个月使用甲硝唑栓可能透过胎盘影响胎儿发育，尤其高剂量时具有潜在致畸风险。哺乳期女性也需谨慎，因甲硝唑可经乳汁分泌，可能导致婴儿出现食欲减退、呕吐等不良反应。
帕金森病、癫痫等神经系统疾病患者使用甲硝唑栓可能加重震颤、意识障碍等症状，这与药物能透过血脑屏障抑制中枢神经递质有关。既往有周围神经病变病史者也易出现肢体麻木等神经毒性反应。
白细胞减少、再生障碍性贫血等血液疾病患者使用后可能进一步抑制骨髓造血功能，导致粒细胞缺乏。用药期间应监测血常规，若出现异常出血或持续发热需及时就医。
用药期间及停药后三天内禁止饮酒或接触含丙二醇制品，因甲硝唑会抑制乙醛脱氢酶，引发双硫仑样反应，表现为面部潮红、头痛、心悸，严重时可出现血压下降。
使用甲硝唑栓期间应保持会阴清洁干燥，避免穿紧身化纤内裤以减少局部刺激。治疗阴道炎期间禁止性生活，配偶需同步口服甲硝唑片预防交叉感染。用药后若出现头晕、共济失调等中枢神经症状或顽固性腹泻，提示可能需要调整治疗方案。定期复查阴道分泌物常规，完成疗程后仍需复查确保病原体清除。存放栓剂时注意避光防潮，超过30摄氏度可能影响药物稳定性。
