生殖器疱疹的潜伏期通常为2至12天，平均约4至5天。初次感染后病毒可能长期潜伏于神经节，在免疫力下降时复发。
初次接触单纯疱疹病毒2型后，多数患者在2至12天内出现症状。早期表现为局部灼热感或刺痛，随后发展为簇集性小水疱，伴随腹股沟淋巴结肿大。部分感染者症状轻微甚至无症状，但仍具有传染性。
病毒初次感染后会潜伏于骶神经节，当机体遭遇感冒、疲劳、月经等免疫力下降情况时，病毒可沿神经轴突迁移至皮肤黏膜导致复发。复发前常有局部瘙痒、刺痛等前驱症状，皮损范围通常较初发时局限，病程约7至10天。
日常需保持患处清洁干燥，避免搔抓；穿着透气棉质内衣减少摩擦；复发期间禁止性接触。饮食宜清淡，限制辛辣刺激食物，适当补充富含赖氨酸的乳制品、鱼类；规律作息有助于减少复发频率。出现频繁复发或全身症状需及时就医评估抗病毒治疗方案。
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