跖疣冷冻治疗和药物治疗的选择取决于疣体大小、数量、深度以及患者的个人情况，两者各有优劣。
冷冻治疗利用液氮产生的低温使疣体组织坏死脱落，其优点在于操作相对直接，对于数量较少、体积较小的孤立性跖疣，一次或数次治疗即可取得较好效果，且由专业人员在门诊完成，过程较快。药物治疗则通常使用外用水杨酸软膏、咪喹莫特乳膏或干扰素凝胶等，其优点在于患者可自行在家中使用，治疗过程无创，对于面积较大、不适合冷冻或对疼痛敏感的患者更为方便，且成本通常较低。这两种方法都能针对人乳头瘤病毒感染引起的皮肤增生发挥作用。
冷冻治疗的缺点主要在于治疗时和治疗后可能产生疼痛感，局部可能出现水疱、血疱，恢复期需要保护创面，对于足底承重区的疣体，治疗后可能影响短期行走，且对于面积很大、很深的疣体可能需要多次治疗。药物治疗的缺点在于起效相对缓慢，需要患者长期坚持规律用药，治疗周期较长，对于角质过厚的疣体，药物渗透效果可能不佳，且部分患者可能出现皮肤刺激、红肿等局部不良反应。
跖疣由人乳头瘤病毒感染引起，具有传染性，无论选择何种治疗方式，治疗期间都应注意个人卫生，避免搔抓，防止自身接种传染或传染他人。建议穿宽松、透气的鞋子，减少足底摩擦和压迫，保持足部干燥清洁。治疗完成后，也需观察局部皮肤恢复情况，若疣体反复发作或面积扩大，应及时复诊，由医生评估是否需要调整治疗方案或联合使用其他治疗方法，如激光治疗等，以获得更佳疗效。
