肛瘘无法单纯依靠药物实现根除，药物治疗主要用于控制感染、缓解症状或作为手术前后的辅助手段。肛瘘的治疗核心是手术，主要有肛瘘切开术、肛瘘切除术、挂线疗法、肛瘘栓填塞术、括约肌间瘘管结扎术等方式。
一、抗生素
肛瘘急性感染期，肛周可能出现红、肿、热、痛，甚至形成脓肿。此时可使用抗生素控制细菌感染，为后续手术创造条件。常用药物包括甲硝唑片、左氧氟沙星片、头孢克肟分散片等。这些药物需在医生明确诊断后使用，不可自行长期服用，以免产生耐药性或掩盖病情。
二、止痛药
肛瘘发作或术后恢复期，患者可能经历明显的疼痛。非甾体抗炎药如布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片等，可以帮助缓解疼痛和减轻局部炎症反应。使用时应遵循医嘱，注意胃肠道反应等副作用，疼痛剧烈或持续不缓解应及时复诊。
三、外用消毒洗剂
保持肛周清洁是肛瘘护理的重要环节。使用高锰酸钾外用片配制成稀释液进行坐浴，或使用复方黄柏液涂剂、康复新液等进行局部清洗，有助于清洁创面、减少分泌物、抑制细菌生长、促进局部血液循环，从而缓解瘙痒不适，为伤口愈合提供良好环境。
四、中药制剂
在中医理论指导下，一些具有清热解毒、活血化瘀、祛腐生肌功效的中成药可用于肛瘘的辅助治疗。例如，痔疮栓、肛泰软膏等可用于局部外用，减轻肿痛；口服槐角丸、痔炎消片等可能有助于改善便血、肿胀等症状。使用中药需辨证论治，应在中医师指导下进行。
五、生物制剂
对于复杂性肛瘘，特别是与克罗恩病相关的肛瘘，传统的手术和药物效果可能有限。近年来，生物制剂如英夫利西单抗注射液、阿达木单抗注射液等被应用于治疗。这类药物通过抑制体内过度的炎症反应来促进瘘管愈合，但属于处方药，需在专科医生全面评估后使用，并需密切监测潜在不良反应。
肛瘘的日常管理重在预防复发和促进康复。术后及平时应注意保持肛周清洁干燥，便后可用温水清洗，穿着宽松透气的棉质内裤。饮食上增加膳食纤维摄入，多吃蔬菜水果、全谷物，多喝水，保持大便通畅，避免便秘或腹泻对肛门的刺激。避免长时间久坐久站，可进行提肛运动以增强盆底肌肉功能。严格戒烟限酒，少吃辛辣刺激、油腻食物。定期复查至关重要，即使症状消失也应遵医嘱随访，以便医生及时了解愈合情况，处理可能出现的问题。任何用药调整都必须在医生指导下进行，切勿自行寻求“根除”药物而延误必要的手术治疗。
