肠胃炎的用药需根据病因选择，细菌感染引起的肠胃炎用诺氟沙星胶囊、阿莫西林胶囊等抗生素较好，病毒性肠胃炎则以蒙脱石散、枯草杆菌二联活菌颗粒、口服补液盐等对症支持治疗为主。
抗生素如诺氟沙星胶囊、阿莫西林胶囊能有效杀灭引起肠胃炎的大肠杆菌、沙门氏菌等细菌，优点是起效快、针对性强，能从根源上控制感染。口服补液盐可补充呕吐和腹泻丢失的水分与电解质，防止脱水，优点在于安全、经济，尤其适合儿童和老年人。蒙脱石散能吸附肠道内的病毒、细菌和毒素，覆盖消化道黏膜，优点是无全身毒性反应，起效迅速。枯草杆菌二联活菌颗粒可调节肠道菌群平衡，抑制有害菌生长，优点是益生菌制剂慢性肠胃炎或急性期恢复后使用更佳。但抗生素的缺点是无细菌感染证据时使用会破坏正常菌群，且可能诱发耐药；口服补液盐口感欠佳，部分患者难以接受；蒙脱石散大量使用可能引起便秘，且会影响其他药物吸收；枯草杆菌二联活菌颗粒冲泡水温过高会灭活活菌，且免疫缺陷者禁用。
肠胃炎发作期间应清淡饮食，以白粥、烂面条等易消化流食为主，减少胃肠负担；注意补充温开水，少量多次饮用；避免生冷、辛辣、油腻食物及乳制品；注意腹部保暖，可适当热敷缓解绞痛；若出现持续高热、血便、剧烈腹痛或频繁呕吐不能进食，需尽快就医。
