慢性胃肠炎没有绝对最好的药物，需根据病因选择，常用药包括奥美拉唑肠溶胶囊、阿莫西林胶囊、克拉霉素片、蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌胶囊。
1.抑制胃酸
奥美拉唑肠溶胶囊适用于胃酸分泌过多引起的慢性胃炎，能减少胃酸对胃黏膜的刺激，缓解胃痛、反酸等症状。该药通过抑制质子泵发挥作用，常用于伴有糜烂或溃疡的病例，须在医生指导下使用，不可自行长期服用以免掩盖病情。
2.杀灭幽门螺杆菌
阿莫西林胶囊与克拉霉素片常联合用于根除幽门螺杆菌感染，这是导致慢性胃炎的主要原因之一。两者协同作用可提高细菌清除率，减轻炎症反应。用药期间可能出现轻微胃肠道不适，若出现皮疹等过敏反应应立即停药并就医，严禁单独使用其中一种。
3.保护胃肠黏膜
蒙脱石散可覆盖在受损的胃肠黏膜表面，形成保护层，阻止病原体和毒素进一步侵害组织，同时吸附有害物质排出体外。它适用于腹泻型慢性肠炎患者，能有效改善大便性状，但不宜与其他药物同时服用，以免影响其他药物吸收效果。
4.调节肠道菌群
双歧杆菌三联活菌胶囊含有多种有益菌，能够重建肠道微生态平衡，抑制有害菌生长，增强局部免疫力。对于因菌群失调引发的腹胀、消化不良有良好辅助治疗效果，尤其适合抗生素治疗后出现的继发性功能紊乱，需用温水送服避免高温杀死活性菌。
5.综合对症治疗
上述药物常需组合使用以达到最佳疗效，具体方案取决于个体差异及检测结果。例如幽门螺杆菌阳性者需四联疗法，而功能性紊乱则以调节为主。所有药物均须严格遵医嘱执行，不得擅自调整剂量或更换品种，防止耐药性或不良反应发生。
日常应注意饮食清淡易消化，避免辛辣刺激、油腻生冷食物，规律进餐不过饱，保持情绪稳定减少压力影响。适当进行散步等温和运动促进胃肠蠕动，保证充足睡眠帮助身体修复。定期复查胃镜或粪便常规监测病情变化，一旦出现呕血、黑便、体重骤降等情况须立即前往医院就诊，切勿拖延延误治疗时机。
