五海瘿瘤丸具有软坚消肿、散结化痰的功效，主要适用于气滞痰凝引起的瘿瘤、瘰疬、甲状腺肿等疾病。适用于内分泌失调或碘缺乏导致的单纯性甲状腺肿患者、部分良性甲状腺结节患者、中医辨证为痰瘀互结型甲状腺疾病群体。
五海瘿瘤丸中的海藻、昆布等海洋药材含有丰富的碘元素和藻胶酸，能调节甲状腺功能。该作用针对痰凝气滞形成的颈部肿块，可改善甲状腺区域压迫感。临床多用于直径小于3厘米的良性甲状腺结节，服用期间需监测甲状腺功能。
方中贝母、夏枯草配伍具有化痰散结功效，对甲状腺肿大伴随喉部异物感、吞咽不适等症状有缓解效果。适用于地方性甲状腺肿早期患者，但对伴有甲亢症状者需慎用，可能加重心悸等不适。
白芷、连翘等成分具有轻度抗炎作用，可减轻亚急性甲状腺炎引起的颈部疼痛。适用于触痛明显的轻度甲状腺炎症，但细菌性甲状腺炎仍需配合抗生素治疗。
部分研究表明该药可能通过调节T淋巴细胞平衡，改善桥本甲状腺炎患者的自身免疫反应。适合抗体滴度轻度升高的早期桥本患者，需配合硒制剂使用效果更佳。
对需手术治疗的甲状腺肿瘤患者，术前使用可缩小瘤体体积。但恶性肿瘤患者不能单纯依赖该药，术后仍须规范进行内分泌治疗或放射性碘治疗。
服用五海瘿瘤丸期间应避免辛辣刺激食物，保持碘盐适量摄入。甲状腺疾病患者建议每3-6个月复查超声和甲状腺功能，青少年使用需严格遵医嘱控制剂量。孕妇、哺乳期妇女及甲亢未控制者禁用，服药后出现心悸、手抖等不适应立即停药就诊。合并高血压或心脏病患者用药需监测血压心率变化。
