木棉主治风湿痹痛、跌打损伤、痢疾、痔疮出血等疾病。
木棉具有祛风除湿的功效，其树皮和根皮中的活性成分可缓解关节肿胀疼痛。临床常配伍防风、羌活等药材煎服，或制成药酒外擦患处。风湿性关节炎患者发作期可用木棉皮30克水煎代茶饮，配合热敷改善症状。
木棉花蕊捣碎外敷能散瘀消肿，适用于软组织挫伤初期。其含有的黄酮类物质可抑制炎症介质释放，减轻局部充血。新鲜木棉花与红花、桃仁配伍研磨调敷，可加速皮下淤血吸收。
木棉根煎剂对细菌性痢疾有收敛止泻作用，其鞣质成分能保护肠黏膜。急性痢疾可取干燥根皮15克配伍马齿苋煎服，每日2次。需注意虚寒型腹泻患者慎用。
木棉树皮煎汤熏洗可收敛止血，其黏液质能形成保护膜覆盖创面。混合痔发作期可用木棉皮50克煮水坐浴，配合地榆槐角丸内服。出血量多者应及时就医。
木棉絮富含抗菌蛋白，可促进创面愈合。慢性溃疡可用灭菌木棉絮覆盖创面，每日更换。糖尿病足溃疡需先清创再使用，严重感染需联合抗生素治疗。
使用木棉入药时需注意区分药用部位，树皮多用于内服，花蕊适宜外敷。孕妇及过敏体质者慎用，痔疮出血量多或痢疾伴高热者应及时就医。日常可采集新鲜木棉花晒干备用，但需避免潮湿霉变，贮藏期不超过1年。风湿患者用药期间可配合艾灸足三里穴增强疗效。
