百日咳的典型症状表现为阵发性痉挛性咳嗽伴鸡鸣样回声。病程可分为卡他期、痉咳期和恢复期三个阶段，不同阶段症状表现存在差异。
卡他期持续1-2周，症状类似普通感冒，表现为低热、打喷嚏、流泪等上呼吸道感染症状。此期传染性最强但特异性症状不明显，容易误诊为普通感冒。
痉咳期持续2-6周，特征性表现为成串的痉挛性咳嗽。咳嗽发作时连续十余声至数十声短促咳嗽，伴随深长吸气产生鸡鸣样回声，夜间发作更为频繁。剧烈咳嗽可引发面部涨红、结膜出血、舌系带溃疡，婴幼儿可能出现呼吸暂停或发绀。
恢复期持续1-2周，咳嗽频率和强度逐渐减轻。但呼吸道受刺激时仍可能诱发痉挛性咳嗽，此现象可持续数月。部分患者可能继发肺炎、脑病等并发症，表现为持续高热、意识障碍等。
婴幼儿及未接种疫苗者症状更为严重。新生儿可能表现为阵发性呼吸暂停而非典型咳嗽，需特别警惕。出现犬吠样咳嗽伴呕吐、呼吸困难时应及时就医，通过鼻咽拭子PCR检测可确诊。
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