和胃整肠丸需避免与抑酸药、抗菌药、含金属离子药物、抗胆碱药及部分中药合用，具体禁忌药物包括奥美拉唑、诺氟沙星、铝碳酸镁、阿托品及含鞣质类中药。
1、抑酸药物：
质子泵抑制剂如奥美拉唑、雷贝拉唑会降低胃酸分泌，与和胃整肠丸中调节胃肠功能的成分产生拮抗作用。H2受体阻滞剂如法莫替丁可能延缓药物吸收，建议间隔2小时服用。
2、抗菌药物：
喹诺酮类抗生素诺氟沙星、左氧氟沙星与和胃整肠丸中金属离子结合形成螯合物。大环内酯类如克拉霉素可能通过CYP450酶影响药物代谢，增加不良反应风险。
3、金属离子制剂：
含铝、镁的胃药铝碳酸镁、氢氧化铝会吸附和胃整肠丸有效成分。补铁剂硫酸亚铁、补钙剂碳酸钙可能形成难溶性复合物，降低双方生物利用度。
4、抗胆碱药物：
阿托品、山莨菪碱等解痉药与和胃整肠丸中调节肠蠕动的成分作用相悖。合用可能导致肠麻痹或加重腹胀，需监测排便情况。
5、部分中药：
含鞣质的五倍子、地榆可能沉淀和胃整肠丸生物碱。泻下类中药大黄、番泻叶与止泻成分产生冲突，建议间隔4小时以上服用。
服用和胃整肠丸期间应避免酒精及辛辣刺激饮食，适宜选择小米粥、山药等温和食材。合并用药需咨询医师，出现皮疹或心悸立即停药就诊。慢性胃肠疾病患者建议配合腹部按摩及八段锦锻炼，增强胃肠蠕动功能。
