肛瘘通常无法单纯依靠药膏治愈，药物仅能缓解红肿、疼痛等伴随症状，根治需进行手术治疗。常用辅助药物包括红霉素软膏、莫匹罗星软膏、复方角菜酸酯乳膏、硝酸咪康唑乳膏、炉甘石洗剂等。
1.抗感染
肛瘘多由肛腺感染引起，局部使用抗生素药膏有助于控制继发细菌感染。红霉素软膏为大环内酯类抗生素，莫匹罗星软膏为局部外用抗生素，两者均能抑制细菌蛋白质合成，减少脓性分泌物，缓解因感染导致的局部红肿热痛，适用于瘘管周围皮肤伴有明显炎症反应时。
2.护黏膜
瘘管外口长期受粪便及分泌物刺激，易导致周围皮肤糜烂。复方角菜酸酯乳膏含有角菜酸酯成分，能在肛门直肠黏膜表面形成一层保护性膜，隔离刺激物，减轻局部充血和水肿，对于缓解肛瘘引起的肛门坠胀感及皮肤破损有一定辅助作用。
3.抗真菌
若患者长期使用抗生素或局部潮湿，可能合并真菌感染。硝酸咪康唑乳膏属于广谱抗真菌药，能抑制真菌细胞膜合成，针对念珠菌等真菌引起的肛周瘙痒、皮疹有效，适用于肛瘘病程中并发真菌性皮炎的情况，可改善局部瘙痒不适。
4.收敛燥湿
肛瘘常伴有大量渗液，导致肛周皮肤浸渍。炉甘石洗剂具有收敛、保护和止痒作用，涂抹后可吸收部分渗出液，保持局部干燥，减少因潮湿引起的皮肤溃烂和异味，适合在急性发作期渗液较多时短期使用以舒缓症状。
5.促愈合
虽然药膏不能闭合瘘管，但部分含生长因子或中药成分的药膏可促进肉芽组织生长。此类药物能改善局部微循环，加速创面修复，常用于手术切开引流后的恢复期，帮助缩小创面，但不能替代手术清除内口和瘘管的根本治疗。
肛瘘患者日常应保持会阴部清洁干燥，便后及时用温水清洗，避免久坐久站以减少局部压迫。饮食上须清淡，多吃蔬菜水果和富含膳食纤维的食物，保持大便通畅，避免辛辣刺激性食物和饮酒，以防加重充血。切记药膏仅为对症处理手段，一旦发现肛周流脓、疼痛或硬结，务必及时前往正规医院肛肠科就诊，遵医嘱评估病情并选择挂线疗法或切开术等手术方案，以免延误治疗导致复杂性肛瘘或脓肿复发。
