拨云退翳丸主要用于治疗风热上扰或肝火上炎引起的目赤肿痛、视物模糊等眼科疾病。其主要适应证有结膜炎、角膜炎初期、翳状胬肉、早期老年性白内障等。
拨云退翳丸对过敏性结膜炎及病毒性结膜炎引起的眼睑红肿、分泌物增多症状有一定缓解作用。其中黄连、黄芩等成分可抑制局部炎症反应，减轻结膜充血。但对细菌性结膜炎需配合抗生素治疗，单纯使用效果有限。用药期间若出现眼睑瘙痒加重需及时停药。
针对非溃疡性角膜炎早期的畏光、流泪症状，该药可通过菊花、密蒙花等成分发挥疏风清热功效。但角膜出现明显溃疡或上皮缺损时，须联合更昔洛韦滴眼液等抗病毒药物，避免病情进展。患者使用后如出现眼部刺痛感应立即就医。
对于初发期翼状胬肉引起的异物感，药物中的木贼、谷精草可减缓胬肉生长速度。但该药不能消除已形成的胬肉组织，病灶侵入角膜缘2毫米以上时，需考虑胬肉切除联合羊膜移植手术。
方中决明子、青葙子对晶状体轻度混浊可能有一定的延缓进展作用。但晶状体混浊影响视力达到0.5以下时，药物难以逆转病情，此时需评估白内障超声乳化手术指征。
对玻璃体混浊导致的飞蚊幻视症状，拨云退翳丸通过活血化瘀成分可能减轻部分患者的视觉干扰感。但若突然出现闪光感或飞蚊数量激增，提示可能有视网膜裂孔，须紧急进行眼底检查。
使用拨云退翳丸期间应忌食辛辣刺激食物，避免长时间用眼疲劳。服药2周后症状无改善或出现眼压升高、视力下降等情况需停药就诊。糖尿病患者及孕妇应在中医师指导下使用，不建议自行联合其他滴眼液使用。该药属于症状缓解型中成药，不能替代病因治疗，严重眼科疾病仍需及时进行专科检查。
