不建议饮用巴氏鲜奶主要与乳糖不耐受、病原微生物污染风险、特殊人群营养需求冲突等因素有关。巴氏杀菌法虽能杀灭大部分致病菌，但无法完全消除安全隐患，且部分人群可能存在适应性障碍。
乳糖不耐受是常见原因。亚洲成年人乳糖酶缺乏发生率高达60%-90%，饮用鲜奶后可能出现腹胀、腹泻等消化系统症状。巴氏鲜奶未经深度处理，乳糖含量较高，更易诱发不适。乳糖不耐受者可选无乳糖牛奶或酸奶替代。
巴氏杀菌的局限性存在食品安全隐患。巴氏消毒仅能灭活90%-99%的微生物，对李斯特菌等耐热菌效果有限。免疫低下人群、孕妇及婴幼儿饮用后可能引发食源性疾病。超高温灭菌奶或配方奶粉更适合高危人群。
特殊营养需求也需考虑。术后患者、慢性肾病患者等需要控制蛋白质或矿物质摄入，鲜奶中的高磷高钾可能加重代谢负担。这类人群应在医生指导下选择特殊医学用途配方食品。
巴氏鲜奶开封后保质期较短，家庭储存不当易导致细菌二次污染。建议购买后立即冷藏，开封后24小时内饮用完毕。出现絮状沉淀、酸味等变质表现时需立即停止食用。
对牛奶蛋白过敏者应完全避免饮用任何形式的鲜奶。过敏反应可能表现为皮肤瘙痒、呼吸道水肿等，严重时可导致过敏性休克。此类人群可选择植物蛋白饮料作为钙质补充来源。
