直肠间质瘤是否需要手术需根据肿瘤大小、位置及恶性风险综合评估，多数情况下建议手术切除。处理方式主要有内镜下切除、局部切除术、经腹会阴联合切除术、靶向药物治疗、定期随访观察。
肿瘤直径小于2厘米且无恶性特征的直肠间质瘤可考虑内镜下切除或密切随访。这类肿瘤生长缓慢，恶性转化概率低，通过超声内镜定期监测肿瘤变化是安全选择。随访期间需每半年复查肠镜及影像学检查，关注有无便血、排便习惯改变等预警症状。若肿瘤增大或出现黏膜溃疡等高风险表现，则需转为手术治疗。
直径超过5厘米或病理检查提示高危因素的直肠间质瘤必须手术切除。肿瘤侵犯肌层或伴有核分裂象增高时，经腹会阴联合切除术能更彻底清除病灶。术后需结合基因检测结果，对KIT基因突变阳性者采用伊马替尼等靶向药物辅助治疗，降低复发风险。对于已发生转移的晚期患者，手术联合靶向药物治疗可延长生存期。
直肠间质瘤患者术后应保持高蛋白、低渣饮食，避免辛辣刺激食物加重肠道负担。适量增加禽肉、鱼肉等优质蛋白摄入，促进伤口愈合。术后三个月内避免剧烈运动，定期进行肛门括约肌功能锻炼。出现排便失禁或肛门坠胀感应及时复查，排除复发可能。所有治疗均需在胃肠外科医生指导下个体化决策。
