不存在治疗幽门螺杆菌“最好”的单一药物，临床通常采用包含质子泵抑制剂、铋剂及两种抗生素的四联疗法，常用药物有阿莫西林胶囊、克拉霉素片、甲硝唑片、左氧氟沙星片、呋喃唑酮片。
阿莫西林胶囊属于青霉素类抗生素，是根除幽门螺杆菌方案中的核心药物之一。该药主要通过抑制细菌细胞壁合成来发挥杀菌作用，对幽门螺杆菌具有较强的抗菌活性。在联合用药方案中，阿莫西林胶囊常作为首选抗生素与其他药物配合使用，以提高根除率。使用前需确认患者无青霉素过敏史，若存在过敏情况则严禁使用，以免引发严重的过敏反应。该药需在医生指导下与其他药物联合服用，单独使用容易导致细菌耐药。
克拉霉素片是大环内酯类抗生素的代表药物，常用于幽门螺杆菌感染的联合治疗。它能有效抑制细菌蛋白质的合成，从而阻断细菌的生长繁殖。在标准的四联疗法中，克拉霉素片常与质子泵抑制剂和铋剂搭配，形成强效的杀菌组合。部分地区的幽门螺杆菌对该药可能存在一定的耐药性，因此医生会根据患者的既往用药史和当地耐药情况决定是否选用。服用期间可能出现口苦、恶心等胃肠道反应，一般停药后可自行缓解。
甲硝唑片是一种硝基咪唑类抗生素，对厌氧菌及幽门螺杆菌均有显著的杀灭作用。当患者对大环内酯类或青霉素类药物不耐受，或者菌株对其他抗生素产生耐药时，甲硝唑片常作为替代方案中的重要组成部分。该药通过干扰细菌DNA的合成过程，导致细菌死亡。由于幽门螺杆菌对甲硝唑的耐药率在某些区域较高，临床使用时往往需要足量足疗程，并严格配合其他敏感药物共同使用，以确保治疗效果。
左氧氟沙星片属于喹诺酮类抗生素，具有广谱抗菌作用，常被用于幽门螺杆菌的补救治疗方案。当一线治疗失败或患者无法耐受常规抗生素时，医生可能会选择含有左氧氟沙星片的方案进行二次根除。该药通过抑制细菌DNA旋转酶的活性，阻碍细菌复制。需要注意的是，该类药物可能影响软骨发育，因此未成年人群通常禁止使用。此外，长期使用也可能增加细菌耐药风险，必须严格遵医嘱控制使用频次和疗程。
呋喃唑酮片是一种硝基呋喃类抗菌药，近年来在幽门螺杆菌根除治疗中的应用逐渐增多，特别是在多重耐药菌株感染的治疗中表现出较好的疗效。该药机制独特，不易与其他抗生素产生交叉耐药，常作为难治性幽门螺杆菌感染的优选药物之一。虽然其杀菌效果显著，但潜在不良反应相对较多，如周围神经炎等，因此在使用时必须严格把控剂量和适应症。该药必须在专业医师评估后开具，不可自行购买服用。
根除幽门螺杆菌是一个系统性的医疗过程，单纯依赖某一种药物无法达到理想效果，必须严格按照医嘱完成全程规范的联合用药治疗。治疗期间患者应保持清淡饮食，避免食用辛辣刺激性食物如辣椒、生姜等，戒烟限酒以减少对胃黏膜的刺激。同时要注意分餐制或使用公筷，防止家庭内部交叉感染。服药过程中若出现严重皮疹、呼吸困难或剧烈腹痛等不适症状，应立即停药并前往医院就诊。治疗结束后需间隔一定时间复查，确认细菌是否被彻底清除，切勿自行判断病情好转而中断治疗。
