小儿百寿丸主要用于治疗儿童风热感冒、积食内热、咳嗽痰多等病症，主要有解表清热、消食导滞、化痰止咳等功效。
1、风热感冒
小儿百寿丸对风热感冒引起的发热、头痛、鼻塞流黄涕等症状有缓解作用。其成分中的金银花、连翘等具有清热解毒功效，能改善咽喉肿痛、舌红苔黄等风热表征。但需注意与风寒感冒区分，风寒感冒者不宜使用本品。
2、积食内热
针对儿童暴饮暴食导致的腹胀腹痛、口臭便秘等积食症状，小儿百寿丸含有的山楂、神曲等成分可促进消化液分泌，帮助消除胃肠积滞。通常伴随手足心热、夜间睡眠不安等内热表现时适用，症状严重需结合推拿等物理疗法。
3、咳嗽痰多
对于痰热壅肺引起的咳嗽痰黄、喉间痰鸣等症状，方中浙贝母、桔梗等药材可稀释痰液、促进排痰。但不宜用于过敏性或哮喘性咳嗽，服用期间需观察痰液性状变化，若出现呼吸困难需立即停用并就医。
4、暑湿吐泻
夏季饮食不洁导致的呕吐腹泻伴有低热乏力时，小儿百寿丸可通过藿香、佩兰等成分化湿和中。需注意与细菌性肠炎鉴别，若出现血便或持续高热应及时改用抗生素治疗，避免单纯依赖中成药延误病情。
5、惊风初起
对于热极生风出现的烦躁惊跳、睡卧不安等轻症惊风先兆，该药所含钩藤、僵蚕有一定镇惊作用。但若出现意识丧失、四肢抽搐等急症，须立即送医采取针刺人中或西医抗惊厥治疗。
使用小儿百寿丸期间应保持饮食清淡，适量饮用冬瓜汤、绿豆粥等清热食物。避免与油腻甜食同服，服药后若出现皮疹或腹泻加重需停药观察。3岁以下儿童用药前需咨询中医师，合并细菌感染时须配合抗生素治疗，不可自行延长用药周期。
