HPV感染目前没有特效口服药物可以根治，多数情况依靠人体免疫系统自行清除病毒。治疗主要针对HPV引起的病变，如尖锐湿疣或宫颈病变，而非直接杀灭病毒。建议在医生指导下使用外用药物、物理治疗或手术，同时可遵医嘱使用免疫调节剂辅助治疗。
对于HPV感染引起的尖锐湿疣，可使用外用药物如鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏或氟尿嘧啶乳膏。这些药物通过破坏疣体组织或调节局部免疫反应来清除可见的病变，但无法根除潜伏的病毒。使用前需由医生评估疣体大小和位置，避免自行涂抹导致皮肤损伤或感染。
部分免疫调节剂如重组人干扰素α2b凝胶、胸腺肽肠溶片或转移因子口服液，可辅助增强机体对HPV的免疫应答。这类药物并非直接抗病毒，而是通过调节免疫功能帮助清除病毒。需注意，免疫调节剂对已形成的疣体效果有限，且需连续使用较长时间，具体方案应遵医嘱制定。
目前尚无针对HPV的特异性抗病毒口服药。临床使用的抗病毒药物如阿昔洛韦片、更昔洛韦胶囊等主要针对疱疹病毒，对HPV无效。部分研究尝试使用西多福韦等药物，但因肾毒性等副作用，仅限严重病例在医生严密监控下使用，不作为常规推荐。
对于尖锐湿疣或宫颈低度病变，常用物理治疗如激光、冷冻或电灼。这些方法直接去除可见病变组织，缓解症状并降低病毒载量。物理治疗需在正规医院进行，术后需注意创面护理，避免继发感染。但物理治疗无法清除所有病毒，仍有复发可能。
当HPV引起宫颈高度病变或疣体巨大、药物及物理治疗无效时，需考虑手术切除。常见术式包括宫颈锥切术或疣体切除术。手术可彻底去除病变组织，但术后仍需定期随访监测病毒状态。手术并非根治HPV，而是处理已发生的组织损伤，术后免疫系统仍需时间清除残留病毒。
日常护理需注重提升免疫力，保持规律作息、均衡饮食，适量摄入富含维生素C和E的食物如猕猴桃、坚果，避免熬夜和过度压力。定期进行HPV分型检测和宫颈细胞学检查，尤其对于高危型HPV持续感染者，应遵医嘱缩短复查间隔。注意个人卫生，避免不洁性行为，使用安全套可降低交叉感染风险。若出现异常出血、疣体增大或疼痛，需及时就医评估是否需要调整治疗方案。
