使用复方甲硝唑栓需严格遵医嘱，注意用药禁忌、过敏反应、特殊人群限制、药物相互作用及局部刺激等事项。
复方甲硝唑栓禁用于对甲硝唑或其他硝基咪唑类药物过敏者。妊娠期前三个月女性禁用，哺乳期女性使用时应暂停哺乳。活动性中枢神经系统疾病患者及血液病患者需谨慎评估风险。
用药期间可能出现皮肤瘙痒、红肿等过敏症状，严重者可发生过敏性休克。首次使用建议在医疗机构观察半小时，如出现皮疹、呼吸困难等症状需立即停药并就医。既往有药物过敏史者应提前告知医生。
肝功能不全者需调整剂量，重度肝病患者禁用。肾功能减退者应延长给药间隔，治疗期间需监测肝肾功能。儿童用药需严格按体重计算剂量，老年患者应警惕中枢神经系统不良反应。
与华法林合用可能增强抗凝作用导致出血风险，与锂剂联用可能升高血锂浓度。用药期间禁止饮酒或服用含乙醇药物，可能引发双硫仑样反应。全身用抗菌药物可能干扰本药治疗效果。
部分患者用药后可能出现阴道灼热感、分泌物增多等局部刺激症状。应避开月经期使用，给药后建议卧床30分钟以防药物外流。治疗期间避免性生活，需同步治疗性伴侣以防交叉感染。
使用复方甲硝唑栓期间应每日更换透气棉质内裤，避免使用碱性洗液冲洗会阴。治疗滴虫性阴道炎需完成整个疗程，即使症状消失也须持续用药至复查转阴。存放药品需置于30℃以下阴凉处，如出现阴道异常出血或腹痛加重需立即停药就医。用药后不宜立即进行阴道超声等侵入性检查，建议完成治疗后复查。
