分清五淋丸的主要功效为清热泻火、利水通淋，适用于湿热下注所致的热淋、石淋、癃闭等症。其作用机制主要涉及利尿排石、抗菌消炎、缓解尿路刺激症状、改善排尿障碍、调节水电解质平衡。
方中车前子、瞿麦等成分能增加尿量冲刷尿路，辅助细小结石排出，对直径小于6毫米的肾结石或输尿管结石引起的排尿涩痛有缓解作用。泌尿系统结石患者用药期间需配合每日饮水2000毫升以上。
黄芩、栀子等药材对大肠杆菌、变形杆菌等常见尿路致病菌有抑制作用，可减轻膀胱炎、尿道炎引起的尿频尿急症状。需注意该药不能替代抗生素治疗严重尿路感染。
通过降低尿路黏膜神经敏感性，改善热淋证候群典型的灼热刺痛感。与三金片联用时需间隔2小时服用，避免药物相互作用影响疗效。
针对前列腺增生早期出现的排尿无力、尿线变细等症状，可暂时缓解膀胱出口梗阻。但重度排尿困难者应及时就医评估是否需手术干预。
所含萹蓄等成分能促进钾钠排泄，预防尿路感染继发的水肿。长期服药者应定期监测血钾水平，避免电解质紊乱。
服用期间忌食辛辣刺激食物，建议每日饮水保持1500-2000毫升。出现血尿持续、发热或腰腹剧痛时应立即停药就医。糖尿病患者及肾功能不全者需在医师指导下调整用量，服药2周症状无改善需重新评估诊断。该药不宜与含鞣质的中成药同服，可能影响药物吸收。
