事后紧急避孕药存在多种危害，主要包括对月经周期的干扰、胃肠道不适、头痛与乳房胀痛、增加宫外孕风险以及可能的情绪波动。
事后紧急避孕药常用的有左炔诺孕酮片和醋酸乌利司他片，其作用机制是高剂量激素干扰排卵和受精过程，因此容易引起内分泌紊乱。最常见的是月经周期改变，如提前或推迟、经量增多或减少，部分女性还会出现不规则阴道流血。胃肠道反应如恶心、呕吐也很普遍，一般服药后数小时发生，严重时需警惕药物未完全吸收导致避孕失败。头痛和乳房胀痛与激素波动直接相关，通常持续1-2天可自行缓解。需要特别关注的是，紧急避孕药不能降低异位妊娠（宫外孕）的风险，实际上对于已经排卵后受精的情况，药物可能延缓输卵管蠕动，反而使受精卵在输卵管内着床的概率轻微增加，表现为停经后腹痛和不规则出血，需及时就医。此外，少数使用者会出现情绪低落、疲劳或头晕，这与激素对中枢神经的影响有关。长期反复使用紧急避孕药还会加重月经紊乱，甚至影响后续生育功能。由于激素含量远高于常规短效避孕药，一年内使用不宜超过三次，且不能替代常规避孕措施。如果服药后出现剧烈腹痛、晕厥或大量出血，应立即到妇产科就诊排查宫外孕或其他并发症。
为减少危害，紧急避孕药仅作为无保护性生活后的补救措施，不可作为常规避孕方法。日常应选择短效口服避孕药、避孕套或宫内节育器等高效、低副作用的方案。服药后若呕吐明显，可在医生指导下补服。注意记录月经周期，若推迟超过一周需验孕。饮食上避免辛辣刺激，适当补充维生素C和B族以缓解不适。保持心情平稳，避免因紧张加重内分泌紊乱。如果出现持续不适或月经异常超过两个周期，建议妇科门诊咨询并调整后续避孕方式。
