益生菌建议在饭后服用。饭后胃酸浓度较低，有利于活菌顺利到达肠道发挥作用。
胃部处于空腹状态时，胃酸分泌较多且pH值较低，强酸性环境会直接灭活部分益生菌。尤其对不耐酸的菌株如双歧杆菌、乳酸杆菌等影响显著，可能导致到达肠道的活菌数量不足，降低预期效果。部分人群空腹服用还可能引发轻微胃部不适感。
食物进入胃部后能中和部分胃酸，使胃内pH值升高至3-5的较温和环境。此时摄入益生菌可显著提高菌株存活率，尤其对肠溶型制剂更友好。脂类食物能进一步延缓胃排空，为益生菌提供更长的缓冲时间。建议选择含膳食纤维的餐食配合服用，可促进益生菌在肠道的定植。
选择益生菌制剂时需关注菌株特性，部分耐酸型菌株如布拉氏酵母菌对胃酸耐受性较强。日常可搭配酸奶、泡菜等天然发酵食品补充益生菌，同时增加全谷物、洋葱等富含益生元的食物。注意避免与超过50℃的饮品同服，高温会破坏菌群活性。存储时应按说明书要求冷藏或避光，开封后尽快使用完毕。
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