十六味马蔺子丸的成分主要有马蔺子、诃子、毛诃子、余甘子、沉香、丁香、豆蔻、草果、藏菖蒲、檀香、降香、宽筋藤、荜茇、石斛、决明子、天竺黄等中药材。
马蔺子为鸢尾科植物马蔺的干燥成熟种子，具有清热解毒、利尿通淋等功效，常被用于治疗湿热黄疸、淋浊带下等症状。马蔺子含有多种生物碱和黄酮类化合物，有助于调节机体内环境平衡。
诃子是使君子科植物诃子的成熟果实，具有涩肠止泻、敛肺止咳的作用。诃子中含有鞣质、三萜类等成分，能够抑制肠道蠕动，改善腹泻症状，同时对呼吸系统炎症也有一定的缓解效果。
毛诃子与诃子同科属，具有类似的收敛止泻功效，常与诃子配伍使用以增强疗效。毛诃子中的活性成分能够保护胃肠黏膜，减少肠道分泌，适用于久泻不止等情况。
余甘子为大戟科植物余甘子的干燥成熟果实，具有清热凉血、消食健胃的功效。其含有的有机酸和维生素能促进消化液分泌，改善食欲不振，同时具有一定的抗氧化作用。
沉香为瑞香科植物沉香树含有树脂的木材，具有行气止痛、温中止呕的功效。沉香中的倍半萜类化合物能够调节胃肠功能，缓解腹胀腹痛，常被用于治疗胸腹胀闷等症状。
十六味马蔺子丸作为传统藏药复方制剂，其组方遵循藏医理论，各成分协同发挥作用。使用该药物时应关注个体体质差异，避免与辛辣刺激性食物同服。孕妇、哺乳期妇女及特殊体质者用药前应咨询医师，服药期间如出现不适反应应立即停用并就医。储藏时需置于阴凉干燥处，注意防潮防蛀。
