苦参碱栓需要严格遵医嘱使用，特别注意局部过敏反应、孕妇禁用、用药前清洁会阴、避免药物相互作用以及规范存放条件等事项。
苦参碱栓可能引起会阴部皮肤发红、灼热感或瘙痒等过敏反应。初次使用时应观察是否出现上述症状，如持续加重需立即停药并冲洗残留药物。既往对苦参或辅料过敏者禁用该药。临床常用苦参碱栓的辅料包括半合成脂肪酸甘油酯，过敏体质者使用前应核对说明书。
苦参碱栓含苦参总碱，可能通过黏膜吸收影响胎儿发育。妊娠期女性禁止使用该药物，哺乳期女性也应在医生指导下慎用。该药说明书中明确标注孕妇禁忌，若用药后发现妊娠需及时告知医生。备孕女性使用时建议采取可靠避孕措施。
使用苦参碱栓前需用温水清洗会阴并擦干，避免分泌物影响药物吸收。给药时应戴指套或用药器将栓剂推入正确深度，通常需进入肛管超过括约肌位置。用药后卧床20分钟以防止栓剂滑出，月经期女性建议避开经期使用。
苦参碱栓与碱性药物合用可能降低疗效，不宜与含氢氧化铝的栓剂同时使用。正在使用免疫抑制剂或抗凝药物者需提前告知医生，避免成分相互作用。合并细菌性阴道炎时，建议先完成抗生素治疗再使用该药。
苦参碱栓需在25℃以下阴凉处保存，高温会导致栓剂变形失效。拆封后应立即使用，剩余栓剂要密封防潮。儿童不易接触的地方存放，避免误食风险。过期或变质的栓剂会出现软化、变色，此时禁止继续使用。
使用苦参碱栓期间应穿着透气棉质内裤，保持会阴干燥清洁。治疗期间避免辛辣刺激性食物，可适量增加酸奶等含益生菌食品。用药3天后症状未缓解需复诊调整方案，不要自行增减用药频次。储存时注意远离暖气等热源，夏季建议冷藏保存。给药后出现严重腹泻或肛门不适时应暂停用药并就医检查。
