二十五味珍珠丸主要用于治疗心脑血管疾病和神经系统疾病，具有安神开窍、舒筋通络的功效。常见的适应证包括脑卒中后遗症、脑供血不足、高血压、冠心病引起的胸闷心悸、神经性头痛、癫痫等，也可用于改善肢体麻木、言语不清等症状。
二十五味珍珠丸对脑卒中恢复期的肢体功能障碍有明显改善作用，其含有的珍珠母、沉香等成分能促进脑部微循环。对于高血压患者出现的头晕目眩症状，可通过调节血管平滑肌功能缓解。治疗冠心病时，该药可与复方丹参滴丸等联合使用，但须间隔两小时服用。
该成药对癫痫小发作有辅助控制效果，常与丙戊酸钠缓释片配合使用。对神经性头痛的镇痛作用优于普通止痛药，特别适合长期偏头痛患者。其中的西红花成分能营养神经，对糖尿病周围神经病变导致的肢端麻木症状有缓解作用。
对于更年期综合征伴发的焦虑失眠，二十五味珍珠丸通过调节γ-氨基丁酸受体改善睡眠质量。临床观察显示其对轻度抑郁状态有调理作用，但躁狂发作期禁用。药物含有的檀香成分具有镇静效果，可减少阿尔茨海默病患者的激越行为。
在藏医理论中，该药对白脉病即现代医学的风湿性关节炎有独特疗效，能减轻关节晨僵症状。与风湿骨痛胶囊联用时，建议早晨服用二十五味珍珠丸，晚间使用祛风湿药。对腰椎间盘突出引起的坐骨神经痛也有一定缓解作用。
在高原地区常用于预防和治疗高原红细胞增多症，其活血成分可改善血液粘稠度。对急性高原反应出现的头痛呕吐症状，提前三天服用能显著降低发病概率。登山运动员使用时应配合吸氧治疗，孕妇及严重肝肾功能不全者慎用。
使用二十五味珍珠丸期间应忌食辛辣油腻食物，避免与含重金属的中成药同服。该药含朱砂等成分，连续服用不宜超过两个月，需定期检测肝肾功能。脑血管急性发作期患者应先接受现代医学救治，稳定后再考虑配合该药调理。建议在藏医指导下根据体质调整用量，出现皮疹、恶心等不良反应应立即停药就医。
