除虫菊的主要功效是驱虫杀虫，其提取物对蚊虫、跳蚤、虱子等节肢动物具有神经毒性作用。除虫菊的有效成分主要有除虫菊酯、瓜菊酯等，这些成分通过破坏昆虫神经系统导致其麻痹死亡。
1、天然驱虫
除虫菊酯能快速击倒蚊虫，接触后1-2分钟内即可使昆虫运动失调。其作用机制为阻断昆虫神经细胞钠离子通道，适用于驱除居家环境中的蚊子、苍蝇、蟑螂等害虫。可制成蚊香、喷雾剂等产品，对哺乳动物毒性较低。
2、农业防虫
除虫菊提取物广泛用于有机农业，防治蚜虫、毛虫等作物害虫。与化学农药相比残留期短，对蜜蜂等益虫影响较小。需注意光照下易分解，建议傍晚喷施，配合增效剂可延长药效。
3、宠物除蚤
除虫菊粉剂可安全用于猫狗体表除蚤，直接作用于寄生虫运动神经。使用时应避开动物眼鼻，幼宠需稀释后使用。可能出现短暂兴奋反应，与拟除虫菊酯类杀虫剂存在交叉抗性。
4、储存防蛀
除虫菊干花包放入衣柜可防衣物蛀虫，其挥发性成分能驱赶蠹虫、衣蛾。需定期更换以保持效力，配合樟脑使用效果更佳。对羊毛、丝绸等天然纤维无腐蚀性，适合珍贵纺织品养护。
5、传统药用
民间用除虫菊煎剂外涂治疗疥疮，其脂溶性成分可渗透皮肤杀灭疥螨。现代已开发含除虫菊素的药膏，需避免接触黏膜。过量使用可能引起皮肤刺痛，过敏体质者应做斑贴试验。
使用除虫菊制品时应保持环境通风，孕妇及婴幼儿避免直接接触。有机种植的除虫菊需在盛花期人工采收，新鲜花头中杀虫成分含量最高。储存时需避光防潮，与食品分开存放。出现头晕等不适症状应立即离开施药环境，用肥皂水清洗接触部位。
