胃肠道间质瘤能否治愈取决于肿瘤分期、基因突变类型及治疗方式。早期局限性肿瘤通过手术完整切除后治愈率较高，而晚期转移性肿瘤需综合靶向治疗控制病情。
肿瘤直径小于2厘米且核分裂象少于5个/50HPF时属于极低危或低危型，完整手术切除后五年无复发生存率超过90%。术后无需辅助治疗，但需每6-12个月进行胃镜或影像学随访。此类肿瘤细胞多存在KIT基因第11号外显子突变，对靶向药物敏感率较高。
发生肝脏或腹膜转移的晚期患者，需长期服用伊马替尼等酪氨酸激酶抑制剂。约80%患者用药后肿瘤缩小或稳定，中位无进展生存期可达30个月。耐药后可通过基因检测换用舒尼替尼或瑞戈非尼，部分患者可实现带瘤生存超过5年。治疗期间需定期监测肝功能、血常规及心电图。
日常护理需注意维持高蛋白饮食，适量补充维生素D和钙剂预防靶向药物导致的骨质疏松。避免剧烈运动以防肿瘤破裂出血，建议采用散步、太极等低强度活动。心理支持尤为重要，可加入患者互助组织缓解焦虑情绪。出现呕血、黑便或剧烈腹痛需立即就医。
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