紧急避孕药通常需要3-7天才能完全代谢出体外，具体时间受到个人体质、肝功能状况及药物成分等多种因素影响。
紧急避孕药在体内的代谢过程主要取决于其活性成分，常见的为左炔诺孕酮或醋酸乌利司他。对于多数年轻、肝功能正常的女性，左炔诺孕酮的代谢速度较快，在服药后3-5天内其药物浓度即可下降到检测不到的水平，此时对再次服药的干扰已极小。而对于体重指数偏高或存在轻微肝功能波动的人群，药物在脂肪组织中的储存和肝脏分解速度会减慢，代谢时间可能延长至5-7天。醋酸乌利司他类药物的代谢周期通常略短于左炔诺孕酮，一般在3-5天内即可完成清除。代谢速度还受到是否同时服用其他影响肝药酶活性药物的影响，例如利福平、某些抗癫痫药或抗真菌药物，这些药物会加速紧急避孕药的代谢，使其清除时间缩短至1-3天。而长期饮酒或存在慢性肝病的人群，肝脏代谢能力下降，药物半衰期延长，代谢完全可能需要7-10天，但这属于少数个体差异。总体而言，判断药物是否代谢完毕的最实用方法是观察服药后是否出现撤退性出血，通常在服药后3-7天内发生的出血，标志着体内激素水平已发生明显波动并逐步恢复常态，之后药物对生理周期的影响即基本消退。
服用紧急避孕药后应适当增加饮水量，帮助肾脏代谢药物产物；注意观察月经周期变化，如出现月经延迟超过7天，建议进行妊娠检测；紧急避孕药不宜作为常规避孕手段，一年内使用不宜超过3次，以免引起内分泌紊乱和月经失调；服药后若出现严重恶心、头痛或乳房胀痛，需充分休息，清淡饮食，避免辛辣刺激食物加重胃肠不适。
