目前不存在单一“最好”的杀幽门螺杆菌药物，临床通常采用含质子泵抑制剂、铋剂及两种抗生素的四联疗法，常用药物有阿莫西林胶囊、克拉霉素片、甲硝唑片、左氧氟沙星片、四环素片。
阿莫西林胶囊是青霉素类抗生素，对幽门螺杆菌具有较强的杀菌活性，常作为四联疗法中的首选抗生素之一。该药通过抑制细菌细胞壁合成导致细菌死亡，适用于无青霉素过敏史的患者。若患者既往有皮疹、呼吸困难等过敏反应，则严禁使用此药，需由医生评估后更换其他种类抗生素，且必须严格遵医嘱足量足疗程服用以确保根除效果。
克拉霉素片属于大环内酯类抗生素，能有效抑制幽门螺杆菌蛋白质合成，从而阻碍其生长繁殖。在标准四联方案中，它常与阿莫西林搭配使用以增强疗效。部分地区的幽门螺杆菌对该药耐药率有所上升，因此使用前最好进行药敏试验或依据当地流行病学数据选择。服用期间可能出现口苦、恶心等胃肠道反应，一般无须特殊处理，停药后可自行缓解。
甲硝唑片为硝基咪唑类衍生物，对厌氧菌及幽门螺杆菌均有显著杀灭作用，常用于对大环内酯类耐药患者的替代治疗方案。该药在酸性环境中活性更强，配合抑酸药使用可提升胃内药物浓度。用药期间及停药后一周内严禁饮酒，以免引发双硫仑样反应，表现为面部潮红、头痛、心悸等严重不适症状，务必引起高度重视。
左氧氟沙星片是喹诺酮类抗菌药，通过干扰细菌DNA复制发挥杀菌功效，多作为二线补救治疗药物使用。当一线方案失败或患者对其他抗生素不耐受时，医生可能会考虑将其纳入组合方案。由于该药可能影响软骨发育，十八岁以下青少年及孕妇禁用。长期或过量使用还可能诱发肌腱炎甚至肌腱断裂，需在专业医师指导下谨慎应用。
四环素片属于广谱抗生素，能够特异性结合细菌核糖体，阻断蛋白质合成过程，对幽门螺杆菌亦具良好抑制作用。在某些特定四联方案中，它与甲硝唑联用可提高根除率。服药期间应避免与牛奶、钙片等同服，以防形成络合物影响吸收。此外，该药可能导致光敏反应，外出时应注意防晒，儿童及妊娠期妇女通常不建议使用。
根除幽门螺杆菌需严格遵循医嘱完成全程规范治疗，不可自行增减药量或中途停药，否则易导致治疗失败及细菌耐药。治疗期间应保持清淡饮食，避免辛辣刺激、油腻生冷食物，戒烟限酒，规律作息，减少精神压力。家庭成员间注意餐具分开使用并定期消毒，防止交叉感染。治疗结束后需间隔至少四周再进行呼气试验复查，确认是否成功根除，如有不适及时就医咨询。
