甲亢病情较轻、甲状腺轻度肿大时药物治疗较好，病情较重、甲状腺显著肿大或药物过敏时碘131治疗较好。
药物治疗与碘131治疗各有其独特的优势领域。药物治疗适合初发患者、青少年儿童以及妊娠期妇女，其优点在于不破坏甲状腺组织，保留甲状腺功能，治疗过程相对温和，出现不良反应时可通过调整药量及时干预，且随时可终止治疗转为其他方案。碘131治疗的优点在于治愈率高，通常只需服用一次即可达到理想效果，特别适合对抗甲状腺药物过敏、长期服药复发、合并心脏疾病无法耐受长期服药以及甲状腺显著肿大的患者，该方法简便快捷，无须频繁往返医院，能迅速控制高代谢症状，避免长期服药带来的肝肾负担和经济压力。
两种治疗方式也存在各自的局限性与潜在风险。药物治疗的缺点在于疗程漫长，通常需要持续服药一年半至两年甚至更久，期间需定期复查血常规和肝功能，存在粒细胞减少、肝损伤等药物副作用风险，且停药后复发概率相对较高，部分患者需终身依赖药物维持。碘131治疗的缺点在于可能导致永久性甲状腺功能减退，患者术后需终身服用甲状腺激素替代治疗，且治疗后短期内可能加重甲亢症状，诱发甲状腺危象，对于重度突眼患者可能加重眼部病变，此外治疗后一定时间内需进行放射性隔离，对周围人群产生辐射顾虑，不适用于备孕及哺乳期女性。
患者在选择治疗方案时应综合评估自身年龄、病情严重程度、甲状腺大小、有无并发症及个人生育计划，务必前往正规医疗机构内分泌科进行详细检查，听从专业医生建议制定个体化诊疗策略，切勿自行盲目决定，治疗期间应保持情绪稳定，避免过度劳累，严格遵医嘱定期复查甲状腺功能指标，根据检查结果动态调整治疗方案，同时注意低碘饮食，避免食用海带紫菜等高碘食物，保证充足睡眠，适度运动以增强机体免疫力，促进疾病康复。
