花椒具有温中散寒、除湿止痛、杀虫止痒等作用，主要用于缓解胃肠冷痛、呕吐泄泻、风寒湿痹等症状，外用可辅助治疗湿疹瘙痒。
1、温中散寒
花椒性温味辛，归脾、胃经，能有效缓解因脾胃虚寒引起的脘腹冷痛、食欲不振。对于寒邪侵袭导致的胃肠痉挛，可配伍干姜、高良姜等药材增强散寒效果。需注意阴虚火旺者慎用，以免加重口干咽燥等不适。
2、除湿止痛
花椒通过促进局部血液循环，改善风寒湿邪阻滞经络引起的关节疼痛。临床常与独活、威灵仙配伍用于风湿性关节炎的辅助治疗。外用时可制成花椒酒涂抹患处，但皮肤破损处禁用。
3、驱虫杀虫
花椒所含的挥发油对蛔虫、蛲虫有麻痹作用，传统方剂乌梅丸即利用此特性治疗肠道寄生虫病。现代研究证实其柠檬烯成分能破坏虫体细胞膜，但孕妇及婴幼儿须在医生指导下使用。
4、止痒抗菌
花椒煎汤外洗可抑制金黄色葡萄球菌等致病菌，缓解皮肤湿疹、疥癣引起的瘙痒。建议将花椒与苦参、白鲜皮配伍煮沸后晾至适宜温度湿敷，每日不超过两次以避免皮肤刺激。
5、调味增香
作为传统香辛料，花椒能促进唾液分泌、增强食欲。其麻味成分羟基-α-山椒素可激活口腔触觉神经，在川菜中常与辣椒协同形成麻辣风味。每日摄入量建议控制在3-5克以内，过量可能引起舌麻或胃肠不适。
使用花椒时需区分药用与食用目的，内服应避免长期大量使用，阴虚体质及孕妇慎用。出现过敏反应如皮肤红肿、呼吸困难需立即停用。建议将花椒存放于密闭容器置于阴凉处，防止挥发油成分流失。日常饮食中可搭配生姜、红枣等温性食材平衡药性，若用于疾病治疗需在中医师指导下配伍应用。
