牛黄十三味丸主要具有清热解毒、镇静安神、止咳化痰等功效，适用于热病发热、咳嗽痰多、心悸失眠等症状。
牛黄十三味丸中的牛黄、黄连等成分具有明显的清热解毒作用。这类药材能够抑制体内病原微生物繁殖，减轻炎症反应引起的红肿热痛症状，对于上呼吸道感染、咽喉肿痛等热性疾病有缓解效果。其中的黄连素能够抑制多种细菌生长，黄芩苷可降低体温。
方剂中的珍珠母、朱砂等矿物药成分具有重镇安神功效，能调节中枢神经系统功能。对于心火亢盛导致的烦躁不安、失眠多梦有改善作用，可延长睡眠时间，提高睡眠质量。这类成分通过抑制神经递质过度释放发挥镇静效果。
浙贝母、苦杏仁等药物组合具有宣肺降气作用，能稀释呼吸道分泌物，促进痰液排出。对于风热犯肺引起的咳嗽、痰黄粘稠等症状有明显缓解，可减轻支气管平滑肌痉挛，改善通气功能。
所含地黄、赤芍等药材具有清热凉血功效，能降低毛细血管通透性。对于血热妄行导致的鼻衄、牙龈出血等症状有止血作用，可通过调节凝血功能促进破损血管修复。
麝香、冰片等芳香开窍药能兴奋中枢神经系统。对于热入心包引起的神昏谵语、意识模糊有促醒作用，可改善脑部微循环，提高神经细胞缺氧耐受能力。
使用牛黄十三味丸需注意脾胃虚寒者慎用，孕妇禁用。服药期间应保持清淡饮食，避免辛辣油腻食物影响药效。由于含朱砂等矿物药，不宜长期连续服用，建议在医师指导下按疗程使用。出现皮疹、恶心等不良反应时应立即停药就医，过敏体质者应提前告知医生。贮藏时需置于阴凉干燥处，防止药物受潮变质。
