长期避孕药可能会有副作用，但多数人耐受性良好。长期避孕药的主要副作用可能有月经紊乱、胃肠道不适、乳房胀痛、情绪波动及体重变化等，一般会随着用药时间延长逐渐减轻。
长期避孕药含雌激素和孕激素，部分女性用药初期会出现非经期出血或经量减少。这属于药物对子宫内膜的调节作用，通常3个月后适应。胃肠道反应如恶心、呕吐多发生在早晨用药后，改为睡前服用或搭配少量食物可缓解。乳房敏感性与激素水平波动有关，选择低剂量配方或更换孕激素类型可能有改善。少数人用药后情绪低落或焦虑感增加，与个体对激素敏感性差异相关。体重轻微上升多因水钠潴留所致，并非脂肪堆积，增加运动量可调节。
有血栓家族史、严重高血压、35岁以上吸烟女性等特殊人群发生静脉血栓概率略高于普通人群。系统性红斑狼疮患者可能加重病情，哺乳期妇女可能减少乳汁分泌。长期用药期间每年需进行肝肾功能、血压及乳腺检查，突发剧烈头痛或视觉异常需立即停药就医。
使用前应评估个人健康状况，存在糖尿病、高血脂等代谢性疾病者建议选择孕激素单方制剂。用药期间保持规律作息，适量补充维生素B族和镁剂有助于减轻不良反应。若副作用持续3个月未缓解或严重影响生活质量，可咨询医生调整用药方案。
