腹腔镜手术的弊端主要包括术后肩部疼痛、二氧化碳蓄积相关并发症、手术视野局限性和技术操作难度较高四个方面。
术后肩部疼痛发生率约35%-60%，由二氧化碳气腹刺激膈神经引起。疼痛多出现在术后1-2天，通常3-5天自行缓解，严重者可考虑热敷或镇痛药物。这与气腹压力设置过高超过12mmHg及手术时间过长密切相关。
二氧化碳蓄积可能引发皮下气肿、高碳酸血症等并发症。皮下气肿表现为局部捻发音，多数48小时内吸收；高碳酸血症严重时可导致心律失常，术中需严密监测呼气末二氧化碳分压。肥胖患者及手术时间超过4小时者风险显著增加。
手术视野存在器械相互干扰的"筷子效应"，尤其在狭窄解剖区域如盆腔手术时更为明显。单孔腹腔镜的器械冲突率可达42%，可能影响淋巴结清扫等精细操作。三维腹腔镜系统可部分改善但无法完全消除该问题。
技术操作难度体现在曲线器械的杠杆效应，新手医师平均需要完成30-50例手术才能达到稳定操作水平。复杂手术如胃癌根治术的中转开腹率约5%-8%，主要发生在血管变异或严重粘连病例。特殊体型患者如BMI＞35的肥胖者操作空间会减少40%以上。
极少数情况下可能发生气体栓塞发生率0.001%-0.006%或腹腔内大出血0.3%-1.2%，这类严重并发症需立即中转开腹处理。术前全面评估患者心肺功能、精确规划穿刺点布局可降低相关风险。
