电子胃镜检查过程中可能会有一定不适感，但多数患者可以耐受。检查前会使用局部麻醉药物减轻咽喉部刺激，部分敏感人群可能出现恶心、呕吐等反应，检查后咽喉轻微疼痛或腹胀通常短时间内缓解。
电子胃镜检查的不适感主要来源于内镜通过咽喉时的异物感，以及注气扩张胃部时的胀满感。咽喉反射敏感的人群更容易出现干呕或呛咳，医生会通过调整进镜速度和指导呼吸节奏来减轻反应。采用超细径胃镜或经鼻胃镜可进一步降低不适，焦虑患者可提前与医生沟通镇静方案。检查过程中保持平稳的腹式呼吸能有效分散注意力，配合医生指令减少摩擦刺激。
少数患者可能因紧张导致血压升高或心率加快，存在严重心血管疾病、脊柱畸形或咽喉结构异常者风险相对较高。极个别情况下会发生黏膜擦伤或穿孔，这与操作难度和患者解剖变异有关。术后持续胸痛、呕血或发热需立即就医。检查前禁食不足可能增加呕吐概率，糖尿病患者空腹时间过长有低血糖风险。
检查前6-8小时需严格禁食，2小时前禁水，有假牙者需提前取下。术后1小时内勿进食进水，待咽部麻木感消失后先饮少量水，无呛咳再进流食。当天避免辛辣刺激食物，一周内观察大便颜色，出现黑便及时复查。高血压患者检查当日可按医嘱服用降压药，长期服用抗凝药物者需提前告知医生评估风险。
