过氧苯甲酰凝胶主要用于治疗痤疮，尤其适用于轻至中度寻常痤疮的局部治疗。
过氧苯甲酰凝胶通过氧化作用减少痤疮丙酸杆菌繁殖，同时溶解粉刺并抑制皮脂分泌，适用于以粉刺、炎性丘疹为主要表现的寻常痤疮。使用时可能出现皮肤干燥、脱屑等反应，需配合保湿产品缓解。用药期间避免接触眼周及黏膜。
对于部分玫瑰痤疮患者伴随的炎性丘疹或脓疱，低浓度过氧苯甲酰凝胶可辅助控制炎症反应。由于该疾病患者皮肤屏障较脆弱，建议在医生指导下短期使用，并与修复类护肤品联合应用。
细菌性毛囊炎可能因金黄色葡萄球菌等感染引发红色丘疹或脓疱，过氧苯甲酰凝胶的抗菌和角质溶解作用可改善症状。需注意与真菌性毛囊炎鉴别，后者需抗真菌药物治疗。
头皮或面部脂溢性皮炎伴发痤疮样皮疹时，过氧苯甲酰凝胶可减轻局部炎症和油腻症状。但因本病与马拉色菌感染相关，通常需联合抗真菌药物（如酮康唑洗剂）使用。
表浅性脓疱感染若由痤疮丙酸杆菌等敏感菌引起，过氧苯甲酰凝胶可作为辅助治疗。对于深部感染或伴随全身症状者，须及时就医进行系统性抗感染治疗。
使用过氧苯甲酰凝胶前需清洁患处，从低浓度开始逐渐适应，避免与维A酸类药物同时使用以防刺激加重。治疗期间注意防晒，避免使用酒精类护肤品。若出现严重红斑、灼痛或过敏反应应立即停用并咨询医生。配合清淡饮食、规律作息及适度清洁有助于皮肤病康复。
