尖锐湿疣的治疗通常不单纯依赖口服药物，主要采用局部物理治疗和外用药物，口服药物多作为辅助。治疗药物主要有转移因子口服溶液、胸腺肽肠溶片、匹多莫德颗粒、盐酸伐昔洛韦片以及鬼臼毒素酊等，但必须在医生指导下使用。
一、口服免疫调节药物
转移因子口服溶液是一种免疫调节药，可用于辅助治疗尖锐湿疣，帮助调节和增强机体细胞免疫功能。胸腺肽肠溶片同样具有调节和增强人体细胞免疫功能的作用，适用于慢性病毒感染及免疫缺陷病的辅助治疗。匹多莫德颗粒也是一种免疫刺激剂，适用于机体免疫功能低下的患者，作为辅助治疗药物。
二、口服抗病毒药物
盐酸伐昔洛韦片是抗病毒药物，用于治疗单纯疱疹病毒感染，对于由人乳头瘤病毒引起的尖锐湿疣，其直接抗病毒作用有限，但有时医生会将其用于控制可能合并存在的其他病毒感染或作为综合治疗的组成部分。
三、外用腐蚀性药物
鬼臼毒素酊是局部外用药物，通过诱导产生细胞坏死，使疣体脱落，适用于治疗尖锐湿疣。使用时需严格按照医嘱，仅用于疣体局部，避免接触周围正常皮肤黏膜，以免引起刺激、疼痛、红肿等不良反应。
四、外用免疫调节药物
咪喹莫特乳膏是一种局部免疫调节剂，通过刺激局部产生干扰素等细胞因子而发挥抗病毒作用，用于治疗外生殖器和肛周尖锐湿疣。使用后可能出现局部皮肤红斑、水肿、糜烂等反应，通常停药后可恢复。
五、外用细胞毒药物
氟尿嘧啶乳膏是一种抗代谢类细胞毒药物，通过干扰DNA合成抑制细胞增殖，可用于治疗尖锐湿疣。因其刺激性较强，可能导致用药部位疼痛、炎症、溃疡等，必须由医生评估后指导使用，孕妇禁用。
尖锐湿疣的治疗是一个综合过程，患者应严格遵从医嘱，切勿自行购药使用。在治疗期间，应注意保持患处清洁干燥，穿着宽松透气的棉质内衣，避免搔抓以免自身接种传播。饮食上建议均衡营养，适当增加优质蛋白和维生素的摄入，如鸡蛋、瘦肉、新鲜蔬菜水果等，避免辛辣刺激性食物和饮酒。同时，应保证充足休息，避免过度劳累，以增强机体抵抗力。性伴侣应同时进行检查，治疗期间避免性生活，以防止交叉感染。定期复查至关重要，即使疣体清除后也应遵医嘱随访，以监测复发情况。
