幽门螺杆菌的用药治疗通常采用联合用药方案，目前临床上常用的方法主要有含铋剂的四联疗法、不含铋剂的四联疗法、伴同疗法、序贯疗法以及补救疗法等。
含铋剂的四联疗法是目前临床根除幽门螺杆菌的一线方案。该方案由一种质子泵抑制剂、两种抗生素和一种铋剂组成。常用的质子泵抑制剂包括奥美拉唑肠溶胶囊、兰索拉唑肠溶片等，作用是抑制胃酸分泌，为抗生素发挥药效创造适宜的胃内环境。抗生素通常选用阿莫西林胶囊与克拉霉素片的组合，如果患者对青霉素过敏，可以选用甲硝唑片或四环素片代替。铋剂如枸橼酸铋钾颗粒，能在胃黏膜表面形成保护层，并直接杀灭幽门螺杆菌。此方案适用于初次治疗和对克拉霉素耐药的地区，整体根除率较高。
不含铋剂的四联疗法在部分地区也作为一线选择，其核心是使用两种不同的抗生素与一种质子泵抑制剂及另一种药物组合。这种方案通常将阿莫西林胶囊与甲硝唑片或替硝唑片配合，加上奥美拉唑肠溶胶囊或埃索美拉唑镁肠溶片等抑酸药物，同时可能联用利福布汀胶囊或左氧氟沙星片等药物。该方案的优势在于避免了铋剂可能引起的黑便、便秘等不良反应，适合不能耐受铋剂的患者。治疗过程中，患者需严格遵医嘱按时服药，以确保药物的协同作用，避免因依从性不佳导致治疗失败或产生耐药性。
伴同疗法是一种将四种药物同时服用的方案，其组成与含铋剂四联疗法相似，但部分国家或地区将其作为一线或二线选择。该方案通常包括一种质子泵抑制剂如泮托拉唑钠肠溶胶囊，联合阿莫西林胶囊、克拉霉素片和甲硝唑片三种抗生素。伴同疗法的特点是疗程相对固定，一般为10到14天，患者操作简便，每日一次或两次服药，利于提高依从性。这种方案通过同时使用多种抗菌药物来覆盖潜在的细菌耐药性，从而提高根除成功率，尤其适用于对单一抗生素耐药率较高的地区，但需警惕药物间相互作用。
序贯疗法是一种分阶段给药的方案，通常分为前5天和后5天两个阶段。前5天使用一种质子泵抑制剂如雷贝拉唑钠肠溶胶囊联合阿莫西林胶囊，目的是破坏细菌细胞壁并抑制胃酸。后5天则继续使用同一种质子泵抑制剂，但更换为克拉霉素片和甲硝唑片的组合，以进一步杀灭剩余细菌。这种分步用药的方式通过在不同阶段改变抗菌药物的种类，理论上可以克服部分细菌对单一药物的早期耐药，适用于初次治疗但预期耐药率中等的患者。序贯疗法要求患者严格区分两个阶段的药物，不可混淆服用时间。
补救疗法是针对初次治疗失败后的二线或三线用药方案。当患者使用上述一线方案后，幽门螺杆菌仍为阳性时，医生会根据细菌培养和药敏试验结果，选择患者既往未使用过且敏感性高的药物组合。常用的补救用药包括改用呋喃唑酮片、四环素片或左氧氟沙星片，并联合质子泵抑制剂和铋剂。铋剂在补救方案中能发挥重要作用，有助于减少耐药菌株的形成。由于细菌耐药性增加，补救治疗过程更为复杂，患者务必在消化内科医生指导下进行，避免自行组合使用抗生素，以防止多重耐药的出现。
所有幽门螺杆菌的治疗方案均需在医生明确诊断和指导下进行，不可自行购买和使用药物。治疗期间，建议患者实行分餐制，避免交叉感染，同时注意饮食清淡，不饮酒、不吃辛辣刺激食物。完成整个疗程后，需间隔至少一个月再进行碳13或碳14呼气试验复查，以确认根除效果。合理用药、足疗程治疗和定期复查是提高幽门螺杆菌根除率的关键。
